龟鳖目是古老而特化的爬行动物，属于原始的无孔亚纲，其最早的类型可能要追溯到二叠纪，但是现在发现的那时的所谓龟的化石不一定是龟类而可能是某种特化的杯龙。已确定的最早的龟鳖类是生活于三叠纪的原颚龟亚目的成员，原颚龟除了头部尚不能缩回壳中等原始特征外，与现代的龟类没有太大的区别，显示龟鳖类是一些进化速度很慢的动物。龟鳖目中有两个亚目从中生代一直延续到现代，即颈部侧向折回壳内的侧颈龟亚目Pleurodira和颈部可以成S型缩回壳内的潜颈龟亚目Cryptodira。侧颈龟亚目相对来说更加原始，在史前比较繁盛，分布广泛，而现在基本局限于南半球，主要是一些淡水龟类。我国发现有侧颈龟亚目的化石，但是已经没有现存的成员。在南半球，现存的侧颈龟亚目成员种类也不是很多，不过却包括一些南半球比较著名的龟类。侧颈龟亚目现存有两个科侧颈龟科Pelomedusidae和蛇颈龟科Chelidae，其中南美洲这两个科均有分布，而非洲和大洋洲则各只有一个科。
■ 潜颈龟亚目（CRYPTODIRA）：潜颈龟亚目包括现存的大多数龟鳖类，多数种类的颈部能成S型折回甲壳中。潜颈龟亚目分布广泛，世界上大多数温暖地区的陆地、淡水和海洋中均能见到，而比较集中在北半球的温热带地区。
● 两爪鳖科（Carettochlyidae）：包括：两爪鳖属（Carettochelys）。仅两爪鳖（Carettochelys inscupta）一种，分布于新几内亚和澳洲北部，但是在史前时期分布比较广泛，我国的化石种类无盾龟可能属于此类。与鳖科相同，两爪鳖科外表为皮肤而非角质盾片，并生活于淡水中。两爪鳖体型较大，背甲超过70厘米，其四肢略呈鳍状，高度适应水中生活。与鳖科不同，两爪鳖科主要为植食性而非肉食性。
● 海龟科（Cheloniidae）：海龟科现存有4属7种，包括：蠵龟属（Caretta）、 海龟属（Chelonia）、玳瑁属（Eretmochelys）、丽龟属（Lepidochelys）。其分布遍及各个温暖海域。海龟科是生活于海洋中的具角质盾片的大型龟类，四肢呈鳍状，擅长游泳，仅在繁殖期才返回陆地产卵。海龟科动物性食物和植物性食物均吃，引种类不同而有所偏重。平常所提到的海龟是绿海龟（Chelonia mydas），背甲长1米左右，最长达1.5米，以游历数千公里而返回出生地产卵而闻名。海龟科体型最小的成员是丽龟（Lepidochelys olivacca），背甲通常不到0.7米，最大的成员则是蠵龟（Caretta caretta），背甲长1.5米，最大可达2米。
● 鳄龟科（Chelydridae）：鳄龟科或称啮龟科、鼍龟科，仅以分布于美洲的2属2种大型淡水龟为代表，包括：拟鳄龟属（Chelydra）、真鳄龟属（Macroclemys）。 鳄龟科为凶猛的食肉性龟类，头大而嘴成钩状，咬力强劲。鳄龟科中的北美拟鳄龟（Chelydra serpentina）背甲长约40厘米，分布比较广泛，分布于北美洲东部、中美洲以及南美洲西北部，真鳄龟（Macroclemys temminckii）背甲长60～80厘米，本部于美国东南部，可以在水中很好的伪装自己，而舌头的样子象蠕虫，平时静止在水中张开嘴摆动舌头，只等待贪嘴的鱼儿上当。
● 泥龟科（Dermatemydidae）：包括：泥龟属（Dermatemys）。泥龟科现存仅一种，即中美洲河龟（Dermatemys mawi），分布于墨西哥南部、危地马拉和伯利兹。泥龟体型较大，背甲超过半米，主要生活与淡水中，也可见于海湾、泻湖。泥龟科在史前分布远比现在广泛，我国发现有很多化石。
● 棱皮龟科（Dermochelyidae）：包括棱皮龟属（Dermochelys）。现存仅棱皮龟（Dermochelys coriacea）一种，与海龟科相似，四肢呈鳍状，擅长游泳，生活在海洋中，仅在繁殖期才返回陆地产卵，不具角质盾片而为皮肤覆盖。棱皮龟是现存最大的龟鳖类，背甲长1.5米，最大可达2.5米，体重达860公斤。棱皮龟比海龟分布更加广泛，可以深入更加寒冷的海域，其体温可以在较长时间保持高过水温。棱皮龟和海龟虽然分布广泛，但是其生存均受到人类的威胁，都有灭绝的危险。
● 龟科（Emydidae）：
淡水龟亚科（Batagurinae）：有21～24属56种，包括：安南龟属（Annamemys）、潮龟属（Batagur）、咸水龟属（Callagur）、乌龟属（Chinemys）、闭壳龟属（Cuora）、齿缘摄龟属（Cyclemys）、池龟属（Geoclemys ）、地龟属（Geoemyda）、草龟属（Hardella）、东方龟属（Heosemys）、庙龟属（Hieremys ）、棱背龟属（Kachuga ）、马来龟属（Malayemys）、拟水龟属（Mauremys）、黑龟属（Melanochelys）、孔雀龟属（Morenia ）、果龟属（Notochelys）、花龟属（Ocadia）、巨龟属（Orlitia ）、锯缘摄龟属（Pyxidea）、 木纹龟属（Rhinoclemmys）、眼斑龟属（Sacalia）、粗颈龟属（Siebnrockiella）。是在旧大陆与龟科平行发展的一科，也常被并入龟科。分布于欧洲、北非和亚洲，另有一个属分布于中南美洲。淡水龟亚科有一些与龟亚科类似的成员，如闭壳龟Cuora和箱龟一样可以将壳完全封闭。淡水龟亚科主要为淡水龟类，其中包括一些体型最大的淡水龟，如：马来西亚的巨龟（Orlitia borneensis）背甲长达80厘米。我国最常见的龟多属于淡水龟亚科，包括：锦龟属（Chrysemys）、水龟属（Clemmys）、鸡龟属（Deirochelys）、拟龟属（Emydoidea ）、泽龟属（Emys ）、地图龟属（Graptemys）、钻纹龟属（Malaclemys）、彩龟属（Pseudemys）、箱龟属（Terrapene）、红耳龟属（Trachemys）。其中最著名的当属乌龟（Chinemys reevesii），我国很多地区都能见到，分布于我国南部的黄喉拟水龟（Mauremys mutica）有些个体为藻类所附着，这些背上附着藻类的龟即著名的绿毛龟。
● 龟亚科（Emydinae）：有8～10属34种，主要分布于北美洲南部，少数种类向北到达加拿大，向南到达中南美洲和加勒比海岛屿，其中还有一种即欧洲龟（Emys orbicularis）分布于欧洲、北非和中东。龟科中比较著名的成员包括锦龟Chrysemys和箱龟Terrapene，锦龟是小型的淡水龟类，身上有鲜艳的花纹，受人喜爱，箱龟则可以把壳完全封闭，主要生活于陆地上。● 动胸龟科（Kinosternidae）：动胸龟科有3～4属22种（由于部分科中关于属的划分有争议，其划分并不能明确，下同。此科关于麝香龟属的分类一直存在争议。），包括：匣子龟属（Claudius ）、麝香龟属（Staurotypus）、动胸龟属（Kinosternon）。分布于新大陆从美国到南美洲北部，其中很多成员胸甲可以活动，能将壳完全封闭，因而得名。动胸龟科多为小型的淡水龟类，身长不到20厘米，但也有少数成员身长可达40厘米。动胸龟科成员常生活于泥泞的环境中，有些种类善于攀爬，均食用动物性食物。
● 平胸龟科（Platysternidae）：包括：平胸龟属（Platysernon）。平胸龟科仅平胸龟或称大头龟、大头平胸龟一种，分布于亚洲东部和东南部。平胸龟头大而不能缩回，四肢和尾也不能缩回，嘴成钩状，有些类似鳄龟，但体型较小。平胸龟分类地位不定，除自成一科外，也有人将其归入鳄龟科、龟科、淡水龟亚科或陆龟科。平胸龟生活于流速较快的山溪中，虽然是水栖龟类，但是却不善于游泳而善于攀爬，脚上有尖利的爪，可以爬到水边的树上。
● 陆龟科（Testudinidae）：平壳龟属（Acinixys）、角龟属（Chersina）、象龟属（Geochelone）、地鼠龟属（Gopherus）、珍龟属（Homopus）、缅甸陆龟属（Indotestudo）、纹龟属（Kinixys）、扁龟属（Malacochersus）、凹甲陆龟（Manouria）、沙龟属（Psammobates）、蛛网龟属（Pyxis）、四爪陆龟属（Testudo）。
● 鳖科（Trionychidae）：滑鳖属（Apalone）、软鳖属（Amyda）、盾鳖属（Aspideretes）、小头鳖属（Chitra）、盘鳖属（Cyclanorbis ）、圆鳖属（Cycloderma）、纹鳖属（Dogania ）、缘板鳖属（Lissemys）、丽鳖属（Nilssonia）、山瑞鳖属（Palea）、鼋属（Peochelys）、鳖属（Peodiscus）、斑鳖属（Rafetus）、三爪鳖属（Trionyx）。
■ 侧颈龟亚目（PLEURODIRA）：
● 蛇颈龟科（Chelidae）：蛇颈龟科有10属45种，包括：蛇颈龟属（Chelus）、长颈龟属（Chelodina）、Acanthochelys、癞颈龟属（Elseya）、澳龟属（Emydura）、渔龟属（Hydromedusa）、蟾龟属（Phrynops）、扁龟属（Platemys）、拟澳龟属（Pseudemydura）、溪龟属（Rheodytes）。分别分布于大洋洲和南美洲，在我国虽然没有现存的成员，但是有化石被发现，所明在史前时期本科成员的分布遥远比现在广泛。大洋洲和南美洲的蛇颈龟科均分别有长颈和短颈两类不同的类型，并均为淡水龟类，高度适应淡水生活，其中长颈的类型可以将头伸出水面呼吸而身体则和水面上保持一段距离。蛇颈龟科是大洋洲主要的淡水龟类，直到不久以前，在澳洲还有蛇颈龟科的新属新种被发现。大洋洲的蛇颈龟可以以分布于澳洲的澳洲长颈龟（Chelodina longicollis）为代表，其颈部的长度几乎与背甲长相当。南美洲最著名的蛇颈龟科成员则是玛塔龟（Chelus fimbriatus），其身上的突起使其巧妙的伪装成沉在水底的植物而不易被发现。
● 侧颈龟科（Pelomedusidae）：侧颈龟科有5属25种（由于龟鳖目部分科的分类仍有争议，本文关于属种的具体数字仅供参考，下同。），包括：马达加斯加侧颈龟属（Erymnochelys）、侧颈龟属（Pelomedusa）、亚马逊侧颈龟属（Peltocephalus）、非洲侧颈龟属（Pelusios）、南美侧颈龟属（Podocnemis）。分别分布于南美洲、非洲以及附近地区。侧颈龟在非洲种属都相对较多，不仅分布于非洲大陆，也见于马达加斯加岛，其中分布最广泛的沼泽侧颈龟（Pelomedusa subrufa）不仅几乎遍布非洲侧颈龟的整个分布范围，还跨过红海到达了阿拉伯半岛的西南部，成为亚洲现存的唯一侧颈龟亚目的成员，也是侧颈龟亚目现存分布最北的成员。南美洲的侧颈龟虽然种类不多，但是数量比较多，常常布满南美洲河流的岸边。南美侧颈龟中包括一些体型巨大的成员，其中有些南美侧颈龟，如：南美巨侧颈龟（Podocnemis expansa）背甲长达一米。如其它大多数大型淡水龟不同，这些大型南美侧颈龟食植物性食物而非动物性食物。
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